Відповідно до переповідей, перше поселення ченців виникло за кілька сотень метрів від місця, де зараз розташований монастир. Спершу монахи, рятуючись від татар, осіли поблизу каменя, який тепер називають «Блаженним». З нього витікала джерельна вода. Фактично, це початкове житло — скит, де поселилися, як писав колись Іван Франко, «перші апостоли карпатського Підгір’я».
Маючи ставропігію і прямо підпорядковуючись Константинополю, Манявський монастир розвивався не тільки як релігійний осередок, але й також як культурно-освітній центр. Свого часу тут знаходилась велика бібліотека стародруків, частина якої тепер у Відні, а частина — у Львові.
Окрасою і справжньою перлиною Скиту був Богородчанський іконостас, який створив художник Іов Кондзелевич наприкінці XVII століття. Сьогодні цей зразок іконописного мистецтва та українського малярства загалом зберігається у Національному музеї Львова. Натомість у монастирі можна побачити багато інших сторичних об’єктів: Ікону Богородиці «Ігуменя Манявська» та чудотворну ікону Богородиці Одигитрії XVIII століття.
Чимала спадщина Скиту не збереглася, оскільки 1676 року трапилося страшне лихо: монастир був вщент зруйновано під час польсько-турецької війни. Його відновлення тривало упродовж десяти років. А з 1700 року починається ще один нелегкий період у житті Скиту. Фактично він залишається єдиним православним монастирем на Західній Україні до 1785 року, коли за розпорядженням австрійського імператора Франца-Йосифа ΙΙ, був офіційно закритий.
Після значних реставраційних робіт у 1998 році тут знову залунала молитва — більш ніж через 200 років.
Вже цієї неділі, 7 липня, на території монастиря лунатиме урочиста молитва під час Божественної літургії, яку очолить Предстоятель Православної Церкви України Блаженнійший Митрополит Київський і всієї України Епіфаній.