Разом з Президентом Петром Порошенком Філарет презентував знаковий для країни документ – Томос про надання автокефального церковного устрою Православній Церкві України.
“Томос – це досягнення мети, яку я поставив в 1992 році. Для української церкви було недостатньо мати статус свобідної і незалежної в управлінні Московського патріархату. Раз Україна стала незалежною, то в цій державі має бути незалежна і церква, тобто автокефальна. Був скликаний помісний собор, на якому було прийняте рішення про те, що ми просимо Московського патріарха і єпископат надати нам статус автокефальної церкви. І з того часу Москва стала боротись проти надання автокефалії. Але я вірив, що ми стали на вірний шлях”, – заявив Філарет у спеціальному випуску «Теми дня» на UA: Рівне .
За такі прагнення Філарета часто ображали, називали розкольником. На архієрейському соборі РПЦ 11 червня 1992 року митрополит Філарет був позбавлений всіх ступенів священства, а в 1997 р. Московська патріархія наклала на нього анафему, видавши «Акт про відлучення від Церкви монаха Філарета (Денисенка)».
“Спочатку було образливо, але потім я звик. Кожна добра справа проходить час випробування, і я це сприймав, як час випробування, – зізнається Почесний патріарх Православної церкви України. – Але за цей час ми розбудовували церкву, і вона стала по кількості віруючих, а не по кількості парафій, найбільшою в Україні. За соціологічними дослідженнями нас підтримує 44-48% населення України”.
Свого часу Філарет був одним з трьох претендентів на пост патріарха Московського.
“Я не знаю, як би я діяв, якби став Московським патріархом. Але тоді я молився перед тим собором, щоб на мені була воля божа. І коли мене не обрали, я зустрів це спокійно, значить нема волі божої, а є якесь інше призначення у мене. І я нічого не боявся, а сміливо йшов цією дорогою. Бо це дорога, накреслена Богом”, – прокоментував Філарет.
В бік Петра Порошенка часто звучать звинувачення в тому, що він втручається в справи церковні, хоча Конституція відділяє державу і церкву.
“Це неправда, що Президент втручається в церковні справи. Президент не втручається, а турбується про українську державу і розуміє, що без незалежної української церкви утримать державу неможливо. Тому він і сприяє отриманню Томосу. І ми йому вдячні, бо без його мудрості і наполегливості ми б ще не досягли цієї мети. І він допоміг здобути Томос не втручаючись у внутрішні справи церкви, а відстоюючи українську державу”, коментує Філарет.